Жертвами стали Евгений Киргинцев, совладелец ночного клуба «Наутилус», и Олег Сединко, учредитель телерадиокомпании «Новая волна», которые были его бизнес-партнёрами.
Согласно версии следствия, осенью 2001 года Бабакохян нанял киллера из ОПГ «Трифоновские» Игоря Ковальчука для устранения Киргинцева. Заказанная сумма составила 10 тысяч долларов. 10 октября 2001 года в результате взрыва джипа Toyota Land Cruiser, на котором Киргинцев уезжал от ночного клуба «Наутилус», он был убит. Радиоуправляемая бомба была установлена на днище автомобиля.
26 июня 2002 года Олег Сединко стал жертвой взрыва в подъезде жилого дома на проспекте Острякова во Владивостоке. Он был учредителем и генеральным директором компании ООО New Wave Cinema, управлявшей двумя современными кинотеатрами. Убийство также совершил тот же киллер. В качестве платы он получил Lexus 470 и 15 тысяч долларов.
Именно Игорь Ковальчук дал показания против Армена Бабакохяна.
Также Бабакохяна подозревали в даче взятки — через своего брата он передал сотруднику СИЗО 130 тысяч рублей «за различные преференции».
Фрунзенский районный суд Владивостока приговорил Бабакохяна к 20 лет колонии строгого режима и штрафу в размере 1,3 миллиона рублей.
Фигурант вину не признал, но признал факт передачи взятки. В суде он заявил, что долю Олега Сединко в бизнесе получили его родственники, а ночной клуб «Наутилус» являлся убыточным.
У Игоря Ковальчука, которого считаеют киллером ОПГ «Трифоновские», по версии следователей, не менее семи убийств, включая Евгения Киргинцева и Олега Сединко.
В марте Приморский краевой суд приговорил его к 14 годам колонии строгого режима и штрафу в размере 1 миллиона рублей. Рассмотрев жалобу защиты, вышестоящий суд в Новосибирске сократил срок наказания до 11 лет 6 месяцев колонии строгого режима, а сумму штрафа — до 300 тысяч рублей. В решении Пятого апелляционного суда общей юрисдикции сказано, что Игорь Ковальчук освобождён от наказания за участие в банде (ч. 2 ст. 209 УК РФ) «в связи с истечением сроков давности уголовного преследования».